Nell’art. 11 del decreto legislativo n.79 del 1999, detto anche “decreto Bersani”, che recepisce la direttiva 96/92/CE sulla liberalizzazione del mercato dell’energia, viene fissato l’obbligo per i produttori di energia elettrica, che eccedono i 100 GWh/annuo, a produrre dal 2002 il 2% di elettricità con Impianti Alimentati da Fonti Rinnovabili (IAFR). Dal 2004 al 2006, la quota minima di elettricità prodotta da fonti rinnovabili da immettere in rete nell’anno successivo è incrementata dello 0,35% annuo. L’obbligo può essere soddisfatto anche attraverso l’acquisto di Certificati Verdi (CV) relativi alla produzione di energia elettrica da fonti rinnovabili effettuata da altri soggetti. Il successivo decreto ministeriale del MICA dell’11/11/1999 definisce ufficialmente che cosa si intende per impianti IAFR (cioè quelli la cui produzione è da ritenere valida ai fini della quota del 2%). Vengono qualificati come IAFR tutti gli impianti a fonti rinnovabili di nuova costruzione, quelli già in funzione che vengono ripotenziati e quelli idroelettrici obsoleti che vengono rifatti o riattivati. L’energia elettrica prodotta annualmente con impianti IAFR gode del diritto di avere la priorità di dispacciamento in tempo reale nell’immissione in rete. Essa è raggruppata in pacchetti dal contenuto unitario di 100 MWh, a cui vengono abbinati dei titoli detti Certificati Verdi, che testimoniano l’origine dell’energia da un impianti IAFR. Tale abbinamento è consentito per i primi otto anni di produzione dell’impianto. I CV hanno validità annuale, vengono emessi Terna S.p.A. su richiesta dei produttori e devono accompagnare la fornitura di energia elettrica a Terna S.p.A. da parte degli stessi: in questo modo si garantisce il rispetto della quota del 2% nel flusso di energia elettrica immesso nel sistema di dispacciamento nazionale. I CV sono messi a disposizione degli acquirenti come titoli e scambiati su un apposito mercato di Borsa, gestito dal Gestore del Mercato Elettrico (GME). La validità dei CV non venduti entro l’anno, viene estesa agli anni successivi (decreto “Marzano”) a copertura delle future esigenze del mercato. Il produttore di elettricità da IAFR può decidere di non porre in vendita i CV nel corso dell’anno di produzione, ma può porli in banca nella previsione di negoziarli negli anni successivi a condizioni migliori. I produttori che non possono, o non vogliano, produrre in proprio elettricità con impianti IAFR, o che non riescano a raggiungere la quota del 2%, potranno acquistare i necessari CV dai gestori di impianti IAFR, o mediante accordi diretti, o rivolgendosi alla Borsa dei CV.

Per ottenere un certificato verde bisogna produrre annualmente almeno 50.000 kwh di energia elettrica, ma per piccoli impianti basta una produzione di energia superiore ai 25.000 kwh annui per avere diritto ad un certificato verde. I certificati vengono concessi all’impianto qualificato per gli 8 anni conseguenti all’entrata in esercizio, con la possibilità di ottenere per ulteriori anni nuovi certificati previo riammodernamento o ripotenziamento dell’impianto. Attualmente si sta discutendo la possibilità dal punto di vista legislativo di aumentare a 12 anni il periodo di rilascio dei certificati verdi. La domanda di certificati è imposta dalla legge, in quanto vige l’obbligo di immettere nel sistema elettrico nazionale una quota parte di energia prodotta da fonti rinnovabili pari al 2.35% incrementata dello 0.35% per anno dal 2004 fino al 2006 e per i successivi trienni 2007-2009 e 2010-2012 l’incremento sarà uguale o superiore. Le condizioni tecniche per la cessone dell'energia devono essere concordate con l'ente distributore. 

Il prezzo dei certificati verdi è variabile e fissato di anno in anno in base agli incentivi concessi, ricordando che per il 2004 il valore è stato fissato in 9,739 eurocent per kwh e viene riconosciuto sulla totale produzione sia quella autoconsumata, sia quella ceduta. È molto importante evidenziare che i certificati verdi posseduti dal gestore di un impianto biogas e l’energia elettrica prodotta dallo stesso impianto possono essere venduti separatamente poiché i certificati verdi vengono pagati sul totale dell’energia elettrica prodotta dall’impianto, mentre l’energia elettrica che viene pagata è quella ceduta alla rete nazionale, che a sua volta usufruisce della condizione favorevole di priorità di dispacciamento poiché prodotta da fonti rinnovabili. Inoltre le opere per la realizzazione di un impianto IAFR sono di pubblica utilità, come previsto dal D.lgs 387/03. Pertanto fermo restando il rilascio del CPI di competenza del servizio antincendio del Ministero dell’Interno, tutte le opere connesse alla realizzazione ed alla gestione sono soggetti ad un’autorizzazione unica rilasciata dalla Regione o da altro soggetto delegato, ed inoltre gli IAFR di potenza inferiore ai 3MWt sono attività considerate ad inquinamento atmosferico poco significativo.